科學家研究實現(xiàn)單細胞轉錄組的空間映射

單細胞RNA測序方法可以剖析單細胞的轉錄組表達，但不能保存空間信息。相反，空間轉錄組學可以檢測剖析組織切片中的空間區(qū)域，但不具備單細胞分辨率。美國德克薩斯大學研究團隊提出一種計算方法，揭示組織中單細胞轉錄組的空間結果。該研究近日發(fā)表在《Nature Biotechnology》上，題為：Spatial charting of single-cell transcriptomes in tissues。

研究人員開發(fā)了一個名為細胞跋涉（CellTrek）的計算方法。這種方法結合了單細胞RNA測序和空間轉錄組學兩個數(shù)據集，通過共嵌入和度量學習方法實現(xiàn)單細胞的空間映射。研究人員使用模擬和原位雜交數(shù)據對細胞跋涉進行了基準測試，證明了其準確性和穩(wěn)定性。然后他們將細胞跋涉應用于現(xiàn)有的小鼠大腦和腎臟數(shù)據集，發(fā)現(xiàn)細胞跋涉可以檢測到不同細胞類型和細胞狀態(tài)。研究人員進一步對兩個乳腺導管原位癌組織進行了單細胞RNA測序和空間轉錄組學實驗，并將這些數(shù)據應用于細胞跋涉，結果表明細胞跋涉可以識別不同導管的腫瘤亞克隆細胞類型，以及鄰近腫瘤區(qū)域的特定T細胞狀態(tài)。

綜上所述，細胞跋涉可以準確地繪制不同組織類型中的單細胞，并以此解決其空間組織問題。細胞跋涉也可以將單細胞映射到它們在組織中的空間坐標。

論文鏈接：

https://www.nature.com/articles/s41587-022-01233-1

注：此研究成果摘自《Nature Biotechnology》雜志，文章內容不代表本網站觀點和立場，僅供參考。

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